Das Klima in Montenegro ist mediterran und mild, die Vegetation subtropisch. Im Sommer werden an der Adriaküste Mittelmeertemperaturen erreicht. Der Winter an der Küste ist mild und ohne Schnee und der Sommer trocken und heiß. Der Herbst ist meist sehr mild und der Frühling beginnt oft sehr früh. Im Hinterland Montenegros herrscht eher Kontinentalklima mit Schneefall im Winter.

Trotz seiner geringen Ausdehnung hat Montenegro Anteil an drei verschiedenen klimatischen Zonen. Der vollmediterrane Küstenstreifen hat zwar die geringste Ausdehnung, ist aber durch seine überragende kulturhistorische Rolle von besonderer Bedeutung. Hier liegen die Orte Herceg Novi, Kotor, Budva, Bar und Ulcinj. Mit dem Gebirgsanstieg beginnt die submediterrane Zone, die sich 50 km landeinwärts erstreckt.

Cetinje, Nikšić und Podgorica haben kältere Winter, aber auch wärmere Sommer als die Küstenstädte. Das größte Gebiet nimmt die Gemäßigte Klimazone in Montenegro ein. Hier herrschen ganz ähnliche Bedingungen wie in Mitteleuropa, nur sind die Temperaturen höher.

Zu dieser Zone gehören der Durmitor mit Žabljak und die Städte Pljevlja, Prijepolje und Kolašin. Eine Besonderheit am Klima Montenegros ist, dass hier die höchsten Niederschlagsmengen in Europa gemessen werden. Mit 5000 mm (5000Liter/m²) ist Crkvice im Orjen der regenreichste Ort in Europa. 

Blečić und Lakušić verzeichnen in Montenegro 454 Vegetationseinheiten (37 Klassen, 53 Ordnungen, 97 Verbände und 267 Assoziationen). Die Karte der potentiellen Vegetation Montenegros verzeichnet 20 grundsätzliche Vegetationstypen - 18 Waldtypen und 2 Rasengesellschaften. Große Teile können aber nur noch als degradiert betrachtet werden und sind Ersatzgesellschaften aus Derivaten der potentiellen Vegetation und anthropogen begünstigter Formen.

Das herausstechendste Merkmal ist die unmittelbare räumliche Nähe alpiner Hochgebirge und mediterraner Tieflagen. Durch die meridional angelegten Schluchten ist bis in die Tallagen der Hauptketten der hohen Dinariden ein submediterraner Florencharakter möglich.

Canyons waren darüber hinaus eiszeitliche Refugialräume und sind biogeographisch-florenhistorisch aufschlussreich. Die illyrische Florenprovinz als Subregion der eurosibirischen Region wird von typisch nemoralen sowie borealen Baumvertretern (Buche, Fichte, Weißtanne) geprägt. Mitteleuropäische Horoelemente sind in der Waldvegetation weithin bestimmend. Sie reichen in den Gebirgen um die Bucht von Kotor unmittelbar an die Küste. Der schmale mediterrane Küstensaum im Inneren der Bucht ist wenige hundert Meter breit; die Hartlaubvegetation reicht bis 600 m, submediterrane Formationen bis 1000, oberhalb 1000 m dominieren Buchen und ab 1500 m finden sich Panzerkiefern ein.

Die meernahe Abdachung der dinarischen Küstenketten gehört zur (sub)mediterranen Region der Adriatischen Provinz, während die meerferne Seite zur Illyrischen Subregion der Mitteleuropäischen Florenregion zählt. In Montenegro sind 3136 Arten von Gefäßpflanzen (Pteridophyta, Pinophyta, Magnoliophyta) verzeichnet, darunter 201 endemische Arten. Glazialrelikte sind im Durmitor und Prokletije, Tertiärrelikte im Orjen häufig.

Die südeuropäische Gebirgsflora ist mit der dinarischen Provinz vertreten. Die Südostdinariden besitzen eine reiche temperate, (sub)mediterrane- und oromediterrane Flora mit signifikantem Auftreten illyrischer Endemiten. Lokalendemiten finden sich besonders im Orjen (8) und Prokletije (15). Die größte Artenvielfalt bietet der Prokletije mit 542 Arten, im Orjen treten 243 Arten von Orophyten auf. Topographie und Relief kommt in der Grenzlage bei Ausbildung der Florenregionen eine tragende Rolle zu.

Die Gebirgsbarriere der litoralen Dinariden (800-1900 m) wehrt den mediterranen Klimaeinfluss an der Steilstufe zur Adria ab, nur über die Senken ist ein weiteres Ausgreifen möglich. Das subtropische Biom und mit ihr die adriatische Florenprovinz nimmt daher nur den schmalen Raum der dalmatinischen Küste ein. Die in die Hochkarstzone hineinreichende Bucht von Kotor führt mediterrane Florenelemente noch zum schneebedeckten Orjen. Thermophile Arten wie die paläoendemische halbimmergrüne Mazedonische Eiche - (Quercus trojana), Hopfenbuche – (Ostrya carpinifolia), Orientalische Hainbuche – (Carpinus orientalis) und Mannaesche – (Fraxinus ornus) finden sich in der submediterrane Zone.